1931年1月，由王明左倾路线把持的党中央派夏曦来到湘鄂西苏区。

    1932年4月，夏曦一到洪湖，即极力推行王明左倾路线，不作调查研究，便全盘否定湘鄂西红军的巨大业绩，指责苏区“是富农路线统治”,把“肃反”作为最突出、最紧迫的任务，并以湘鄂西中央分局书记，湘鄂西军委会主席的名义发布“肃反”命令，成立以夏曦为首的“肃反委员会”,设置独立的肃反机构“保卫局”,采取逼供、诱供、指名问供手段，随意将被“审查”对象逮捕或处决。自1932年5月至1934年秋，在湘鄂西苏区内部搞了四次大“肃反”,使红军损失了1000多名高级将领和各级指战员，地方政权领导和无辜群众也被错杀7000余人。

    在1932年5月的一次战斗中，红军俘虏了一个姓张的国民党下级军官。保卫局在审讯时，有人指认他是奸细，经严刑逼供，张受不了皮肉之苦，胡诌他与中共天汉县委军事部长杨国茂既是同乡，又是同伙。保卫局随即将杨国茂逮捕，杨国茂受不了严刑拷打，胡乱供认苏维埃政权和红军中的一些干部是他的同伙。夏曦命令将他所供出的人逮捕并刑讯逼供，于是层层株连，层层捕人，层层“肃反”,甚至普通群众也成了“肃反”对象。这次事件被株连打击的苏区省委委员、部长以上干部23人，红军团以上干部28人，被杀害的有湘鄂西省委常委、红三军政委万涛等一批根据地和红军创始人。连夏曦“肃反”三人小组成员之一的湘鄂西省委组织部长杨成林也感到自危，他给夏曦留下一张条子：“我绝不是国民党，今后也绝对不当国民党。”然后化装成渔民出走。

    1932年9月，贺龙、关向应召开的团以上干部会议上，红七师政委朱勉之实事求是地介绍了万涛等被诬杀的经过和夏曦乱捕滥杀的错误作法。夏曦以朱勉之“计划将七师拖走”、“叛变投敌”等莫须有罪名将他逮捕、杀害。而夏曦的得力干将姜琦，随身带着小本子，只要他怀疑谁是“改组派”,就把名字记上，经夏曦点头，就将谁逮捕、处决。

    针对夏曦大搞“肃反”扩大化，段德昌当面指责他：“你把根据地搞光了，成千上万的共产党人被你杀了，你是革命的功臣还是革命的罪人？”夏曦因而决意除掉段德昌。

    1933年4月下旬，夏曦通知段德昌到中央分局驻地金果坪开会，段德昌自知不妙，但仍镇定自若地赴会。行前，段德昌对爱人刘淑云说：“夏曦要继续杀人，我反对，他杀的全是我们党的精华。我不痛心吗？我估计他会对我下手，你要保重，你腹中有孩子。我们从洪湖一路打过来，征战5省，行程 7000里。你将来生了孩子，如果是男孩，你就叫他段五省，如果是女孩，你就叫她段七千，以示对我的纪念好了。”

    果然段德昌一到，就被以“改组派”、“逃跑主义”的罪名逮捕。段德昌虽立下了“给我四十条枪，三年内不恢复洪湖苏区，提头来见”的誓言，但被拒绝。段德昌还将于谦的《石灰吟》“千锤万炼出深山，烈火焚烧若等闲。粉身碎骨全不怕，要留清白在人间。”一诗抄下，贴在羁押的石洞中，以抒其怀。贺龙闻讯拍着胸膛对夏曦说：“我了解段德昌，我担保段德昌不是改组派！”可夏曦威胁贺龙：“你担保他，谁又能担保你呢？这是中央分局的决定，你敢反对？”自身难保的贺龙只好悲痛万分地对段德昌说：“德昌，我胡子保不了你，对不起你，但党和洪湖人民是不会忘记你的。”

    1933年5月1日下午3点，在金果坪江家村的山坡上，夏曦宣布了段德昌的所谓“罪行”和执行死刑命令。段德昌喝道：“不要用子弹，留下一颗子弹去打敌人！”并深情地对在场的干部群众说：“共产党人砍脑壳也要讲真话，我相信中国革命一定会胜利。红军要打回洪湖去，不要忘记了洪湖人民；红军要赶快恢复党的组织，没有党的领导，红军寸步难行；肃反肃到德昌止，再也不要自相残杀了！”并高呼：“同志们，永别了！祝革命早日成功！中国共产党万岁！苏维埃万岁！”

    贺龙端着一碗粉蒸肉来到段德昌面前，含泪说：“德昌，吃点吧。”段德昌抬眼看了看贺龙，几滴泪珠滚了下来。贺龙喝令左右：“给段师长松绑。”战士们不敢动手。贺龙就亲自为段德昌解开绳索。段德昌接过粉蒸肉，拿起筷子，吃了几口，深情地望了望贺龙，挺胸走向刑场。

    段德昌，这位为创建新中国苦苦奋斗的军事奇才，蒋介石悬赏5万大洋取其首级的名将，片刻便被自己人砍死，时年29岁。

    令人啼笑皆非的是，姜琦却是一个货真价实的国民党潜伏特务。1933年初夏，红三军侦察连在执行任务时，捕获敌人一个秘探，从他身上搜出了姜琦交给他的大量机密情报及亲笔信。经夏曦、贺龙、关向应“三堂会审”,证明姜琦确是深藏在我军内部的奸细。姜琦自知罪大恶极，企图乘夜逃走，被看押的战士击毙。

    1944年4月，中共在延安召开六届七中全会时，通过了中共历史上第一个关于历史问题的决议，为召开党的“七大”和全面清算王明“左”的路线做思想和组织上的准备。会上，毛泽东亲自提议为冤死的段德昌平反昭雪。5月21日，当任弼时详细介绍段德昌被害一事后，毛泽东、彭德怀、贺龙等非常难过。毛泽东再次郑重提议为段德昌平反昭雪。6月11日，中共“七大”决定召开段德昌等死难烈士追悼大会。17日，大会在中央党校大礼堂举行。毛泽东、朱德、刘少奇、周恩来、任弼时等中央领导及“七大”全体代表、延安各界代表参加大会。毛泽东担任主祭，并题挽词：“死难烈士万岁。”这也是段德昌被害后第一次享受组织的祭祀。

    1952年8月3日，中华人民共和国主席毛泽东为段德昌签发了“中共字第零零零一号”“革命牺牲军人家属光荣纪念证”即“烈士证”.段德昌排在“烈士证”第一号，足见其对中国革命的贡献，也足见其在毛泽东心目中的份量。

    1955年解放军授衔时，毛泽东对段德昌这个军事英才死于“左”倾路线，多次表示惋惜，甚至在听取彭德怀和总干部部副部长徐立清的汇报，提及段德昌时，激动得泪流满面，汇报不得不被中断，改日进行。

    1953年1月，段德昌的忠骨自牺牲地迁葬于鹤峰下坪，1962年再迁至鹤峰满山红烈士陵园。