朱元璋建立明朝以后,为扫除元残部,派宋国公冯胜率兵三路平定河西获胜,修筑了嘉峪关明长城,重修了肃州城。明王朝为了加强西北边疆的防卫,设置了关西七卫。永乐三年(公元1405年),在敦煌设沙州卫。后吐鲁番攻破哈密,敦煌面临威胁。明王朝又在沙州古城设置罕东左卫。正德十一年(公元1516年),敦煌被吐鲁番占领。嘉靖三年(公元1524年),明王朝下令闭锁嘉峪关,将关西平民迁徙关内,废弃了瓜、沙二州。此后二百年敦煌旷无建置,成为"风播楼柳空千里,月照流沙别一天"的荒漠之地了。
清康熙后期,清王朝渐次收复了嘉峪关外的广大地区。雍正三年(公元1725年),在敦煌建立沙州卫,并开始从甘肃各地移民2400户到敦煌垦荒定居,同时又迁吐鲁番、罗布泊大批兵民于沙州一带。雍正末,沙州已有耕地10万余亩,引党河水分10渠灌溉,农业得到很快的恢复和发展形成河西走廊西部的戈壁绿洲。到乾隆二十五年(1760年),改沙州卫升敦煌县,隶属安西直属州,直至辛亥革命,1949年中华人民共和国成立后,敦煌一直是县府所在地。 1987年经国务院批准撤县设立敦煌市。1986年被国务院命名为"中国历史文化名城".